La Chiesa di San Francesco d'Assisi fu fondata nel 1248, durante gli anni l'edificio ha subito notevoli interventi di ristrutturazione, tra cui quello del 1681, durante tali lavori venne cambiato l'orientamento della chiesa, spostando la facciata verso l'abitato cittadino.
I lavori di ristrutturazione di fine seicento diedero un impronta barocca alla chiesa, ma il progetto rimase incompiuto, lasciando la chiesa senza rivestimento esterno.
La torre campanaria, eretta nel 1689, presenta invece il rivestimento, dando così un'idea di come sarebbe risultata la chiesa di San Francesco se fosse stata ultimata.

La Chiesa di San Francesco d'Assisi conserva al suo interno il sarcofago di Pietro Pio e quello di Marco Pio, numerosi affreschi.

La chiesa è chiusa al pubblico dal terremoto del 2012, la struttura ha riportato gravi danni, tra cui il crollo della volta interna, situata sopra il presbiterio.